Původ této starobylé odrůdy je zahalen tajemstvím. Nejde o žádný mysticismus, ale o dávné přirozené křížení několika odrůd. S jistou dávkou pravděpodobnosti se mluví o odrůdě Tramín a St. Georgen jako o předcích dnešního Veltlínského zeleného.
Zajímavě se jeví příběh mateřské odrůdy St. Georgen, která byla sice ve středověku hojně pěstovaná, ale postupem času upadla v zapomnění a téměř vymizela. Až na jeden staletý keř (údajně 400 let), který se náhodou podařilo objevit v okolí rakouské obce St. Georgen, volně se pnoucí po křovinách v místech, kde kdysi byla vinice. Tato až pohádkově znějící historka má ale reálné základy v odborné práci z roku 2007 Prof. Dr. Ferdinanda Regnera z výzkumného ústavu v Klosterneuburgu, který provedl genovou analýzu potvrzující spojitost mezi odrůdou Veltlínské zelené a St. Georgen.
Geografický původ odrůdy je zřejmě tedy v Dolním Rakousku v oblasti vrchoviny Manhartsberg, ale také možná v severní Itálii v oblasti Valtelina. Od jižních sousedů se odrůda rozšířila na Moravu a do malokarpatské vinařské oblasti. Původně užívaný název byl Grünen Muskateller a zmínka o něm se objevuje roku 1766 i když se má za to, že tato odrůda byla v Rakousku pěstována již za římské kolonizace.
Z německého Muskateller je odvozeno i původní moravské označení odrůdy Muškatel. Na Moravě se ale Veltlínu říkalo i Bělošpičák (podle bělavých vrcholků letorostů), což bylo převzato z dalšího německého názvu Weißgipfler. Zajímavé je, že i současný název odrůdy je tak trochu omyl. Právě kvůli teprve nedávnému zjištění skutečných odrůdových předků Veltlínského zelného, se dříve považoval za jednu z mnoha mutací Veltlínského červeného a pro odlišení byla do názvu doplněna jeho zelenožlutá barva bobulí. Odtud Veltlínské zelené, které ale, jak dnes víme, není s rodinou Veltlínských odrůd příbuzné.
Do Státní odrůdové knihy byla odrůda Veltlínské zelené zapsána až v roce 1941, tedy 20 let po vydání prvního zákonu o odrůdách a uznávání osiva z roku 1921.
